Spätzle zubereiten: Einen großen Topf mit leicht gesalzenem Wasser zum Kochen bringen, Spätzle hineingeben und nach Packungsanweisung garen. Abgießen und ausdampfen lassen.
Käse vorbereiten: Emmentaler und Bergkäse grob reiben und gut vermischen.
Röstzwiebeln anbraten: Öl und Butter in einer Pfanne erhitzen, Zwiebeln hinzufügen und goldbraun braten (ca. 10-15 Minuten).
Auflauf schichten: Auflaufform einfetten, Spätzle, Käse und Käse-Sahne-Mischung schichten, mit Käse abschließen.
Backen: Backofen auf 180 °C vorheizen, Auflauf 25 Minuten backen, bis der Käse geschmolzen und goldbraun ist. Röstzwiebeln darüber streuen und kurz abkühlen lassen.